Le ministère de la Transition écologique et solidaire a créé l’Agence française pour la biodiversité, qui lui est rattachée, au travers de la loi sur la reconquête de la biodiversité, de la nature et des paysages du 8 août 2016. Avec l’Agence de l’environnement et de la maîtrise de l’énergie (ADEME), elle constitue le deuxième acteur environnemental public. L’agence sur la biodiversité regroupe quatre établissements auparavant distincts : l’Office national de l’eau et des milieux aquatiques (ONEMA), l’Atelier technique des espaces naturels (ATEN), l’Agence des aires marines protégées (AAMP) et les Parcs nationaux de France (PNF).
En collaboration avec des organismes publics comme privés, l’Agence apporte sa contribution dans la mise en pratique des politiques publiques dans la sensibilisation du public, la connaissance et la gestion améliorée de la biodiversité, dans les écosystèmes tant terrestres que marins. Composée de 1200 agents sur l’ensemble du territoire français (DOM-TOM compris), elle gère à ce titre plusieurs parcs naturels marins et un sanctuaire de mammifères marins, mais dirige et anime aussi la moitié des sites marins du réseau européen Natura 2000. L’Agence réalise huit missions :
À l’image d’autres organismes comme par exemple le Conseil économique, social et environnemental (CESE), le conseil d’administration se compose de 43 membres de compétences et de milieux variés : représentants étatiques, députés, sénateurs, acteurs de la société civile, experts en biodiversité, monde associatif et de l’entreprise. Le président d’honneur de l’Agence est l’astrophysicien Hubert Reeves.