La prise de conscience concernant le réchauffement climatique entraîne l'explosion d'un nouveau marché : celui de la compensation carbone. L'idée est de calculer les émissions de carbone générées par un voyage, un évènement, une activité et, pour compenser, de financer un projet qui réduit un volume identique d'émission de CO2. Cette déclinaison des mécanismes liés au Protocole de Kyoto pose de nombreux défis. La demande croît spectaculairement, émanant des particuliers ou des entreprises ; or les projets répondant à des méthodologies certifiées ne sont pas assez nombreux ou adaptés pour répondre à toutes les requêtes.
À l'échelle individuelle, il existe également la compensation carbone volontaire, elle permet à tout acteur non contraint à des objectifs de réduction d'émission de gaz à effet de serre de compenser ses émissions de CO2 en finançant une opération de réduction équivalente hors de son territoire.
Le Mécanisme de Développement Propre (MDP) est le plus important système de compensation carbone au monde, il s'agit d'un mécanisme de marché qui ne cherche pas la source d'émission de GES, mais qui cherche à récompenser financièrement les entreprises qui instaurent des technologies réduisant les GES dans les pays en voie de développement. En contrepartie de cette aide, l'entreprise reçoit des crédits d'émission. Le MDP a pour but d'aider les pays en développement à parvenir à un développement durable et à aider les pays développés à remplir leurs engagements chiffrés de réduction d'émission de GES.
Le protocole de Kyoto est à l'origine de la création d'un Système Communautaire d'Échange de Quotas d'Émission de GES (gaz à effet de serre). Il s'agit d'une bourse européenne au carbone qui a été lancée en 2005. Le SCEQE est le plus grand système d'échange de crédit carbone au monde. Il permet de mettre en place un quota d'émission de GES pour chaque entreprise. Elles peuvent acheter ou vendre leur "droit à polluer" sur le marché du carbone : c'est ce que l'on appelle le système du pollueur-payeur. Le SCEQE est un système qui permet de récompenser les entreprises qui font des efforts en matière de réduction des GES et de pénaliser celles qui ont dépassé leur plafond en les forçant à acheter des quotas supplémentaires auprès d'entreprises plus vertueuses pour l'environnement.
Par ailleurs, certains estiment que la compensation permet d'occulter le vrai problème qui est celui de la réduction des émissions. La compensation permet de se dédouaner, mais ne conduit pas à remettre en cause la source de la production de CO2. On parle aussi de neutralité carbone.