Le loup était présent jusqu’au 19ème siècle sur tout le territoire français. L'expansion progressive de l’homme dans des aires urbaines de plus en plus avancées a fait reculer la faune. Le loup fut pour sa part un cas particulier d’éradication volontaire, 1937 étant la date de la mort des derniers loups. C’est en migrant par les Alpes italiennes que le loup a refait son apparition en France. La première observation date du 5 novembre 1992, dans le parc national du Mercantour. Depuis, sa population n’a cessé de croître, notamment dans l’est et le centre de la France pour atteindre de 500 loups dans le courant de l’année 2019.
Lorsque l’on cherche à établir la présence du loup des indices hivernaux – des données biologiques – vont être recherchés. Si 3 indices de présence du loup ont été observés sur une zone donnée pendant deux hivers consécutifs, cette zone deviendra alors une Zone de Présence Permanente(ZPP). On comprend alors que le loup, qu'il s'agisse d'une meute ou d'un individu isolé, n’est plus simplement en phase de dispersion sur cette zone mais tend à s'y installer plus ou moins durablement. Les Zones de Présence Permanente sont établies par le réseau loup-lynx, mis en place par le Ministère chargé de l’Environnement en 1993 pour assurer le suivi de la répartition du loup, et d’expertiser les éventuels cas de prédation. Tout un réseau de correspondants relève des indices de présence une fois par an pendant l'hiver et le transmet ensuite à l'Office National de la Chasse et de la Faune Sauvage. La méthode utilisée permet d’estimer le nombre minimum de loups sur chaque ZPP. Il s’agit d'une sous-estimation : l’effectif minimum retenu (ou EMR), obtenu après différenciation des empreintes dans la neige. Les données ainsi produites quant au nombre total de loups sont en-deçà du nombre réel car elles ne prennent pas en compte les individus dispersés.
A la sortie de l’hiver 2018-2019, on compte 92 Zones de Présence Permanente, alors qu’on en dénombrait 74 à la sortie de l’hiver 2018/2019. Le nombre de meutes de loups a connu également un accroissement continu : 13 loups supplémentaires ont été comptabilisés sur la même période. Les ZPP n'ont pas cessé de se multiplier depuis les années 90, et les projections suggèrent qu’elles continueront de se développer durant les prochaines années. Une des Zones de Présence Permanente de l'espèce les plus récentes a été établie dans le Doubs en 2019 : elle a été nommée "zone du Marchairuz", en référence au col de montagne éponyme qui culmine à 1.447 m d'altitude dans le canton de Vaud en Suisse.
