L'EFSA est une agence européenne qui demeure indépendante de la Commission Européenne, du Parlement Européen et des états membres de l'Union ; elle a été juridiquement établie par l'UE en vertu de la législation alimentaire générale qui instaure un système de sécurité européen des aliments, séparant les responsabilités respectives des évaluateurs des risques et de leurs gestionnaires.
Le champ de compétence de l'EFSA englobe la sécurité des aliments destinés à l'alimentation humaine comme animale, la nutrition, la santé et le bien-être des animaux ainsi que la santé et la protection des plantes ; les conseils qu'elle fournit dans le domaine de la chaîne alimentaire offrent aux politiques base solide pour l'élaboration des normes applicables en la matière. L'EFSA s'implique également dans l'évaluation des risques environnementaux, et l'impact potentiel de la chaîne alimentaire sur la biodiversité des habitats végétaux et animaux.
Depuis sa création l'agence a formulé des centaines d'avis scientifiques indépendants et actualisés sur plusieurs questions concernant la chaîne alimentaire, notamment en matière d'additifs ltels que l'aspartame (qui est sujet à controverses), les allergènes, les OGM ou les maladies animales. Grâce aux collectes de données scientifiques menées en collaboration avec les états membres de l'UE, l'EFSA joue un rôle essentiel en Europe dans le cadre de l'évaluation des risques en matière de chaîne alimentaire.
Les travaux de l'EFSA sont menés par un comité scientifique divisé en 10 groupes composés de personnalités reconnues. Ces groupes peuvent eux mêmes créer des groupes de travail faisant intervenir des scientifiques de l'agence et des experts externes. L'EFSA travaille en collaboration avec d'autres agences de l'Union Européenne, actives dans le domaine de la santé humaine, de la protection des animaux et de l'environnement : agence européenne des médicaments, agence européenne pour l'environnement, centre de prévention et de contrôle des maladies, agence européenne des produits chimiques. Les bénéficiaires de l'activité scientifique et informative de l'EFSA sont non seulement les institutions des états membres de l'UE mais également les consommateurs à l'échelle européenne qui bénéficient d'une meilleure protection et information en termes de nutrition et de santé publique.
