La première décision de Nelly Olin a déclenché un tollé dans les associations environnementales. Dans l'arrêté pris le 18 juin dernier, elle a non seulement autorisé l'abattage de six loups par an, soit deux de plus que le quota prévu, mais aussi le " tir de défense " pour les éleveurs, à condition qu'ils aient une autorisation préfectorale et le permis de chasse.  De plus, l'indemnisation pour les brebis, victimes des loups, est augmentée de 80 % et la procédure simplifiée. Cette décision qui va dans le sens des revendications des éleveurs alpins et des élus locaux est très critiquée par les écologistes. France Nature Environnement souligne que le texte ne prévoit aucune mesure d'incitation à la  protection des troupeaux. " Ce protocole qui banalise les tirs de loups et les érige en moyens de défense des troupeaux qui risque de nuire à la viabilité de la population française de loups" précise l'association. Même son de cloche du côté de l'association pour la protection des animaux sauvages qui accuse la ministre d'avoir rallumé la guerre du loup et de porter une nouvelle atteinte à la biodiversité en exposant cette espèce protégée par des dispositions européennes et internationales.