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Le Ministère le reconnaît lui-même : il devenait urgent de " résorber le retard parfois considérable constaté quasi systématiquement par la Commission dans la transposition par la France des directives communautaires ". En un an, près de 20 directives ont été transposées, permettant à la France de cesser des pratiques illégales et de continuer à payer des amendes considérables pour non-transposition. " Depuis, le ministère s'efforce de respecter les échéances, tout en évitant les éventuels contentieux liés à des transcriptions incomplètes ou incorrectes ", assure la ministre de l'écologie. En 18 mois, 63 dossiers ont été classés par la Commission, notamment le contentieux portant sur les dates de chasse, la transposition différée de la directive cadre sur l'eau ou la directive " mise en décharge de déchets ".Enfin, le réseau Natura 2000 français, qui compte dorénavant 1334 sites pour une surface de 5 209 358 ha, soit 12 % du territoire métropolitain, a pu être achevé. Après plusieurs années de retard, les directives relatives à la conservation des oiseaux sauvages et des habitats naturels ont également été transposées.
Cependant, d'autres dossiers de premier plan continuent à poser problème, et à démontrer une certaine mauvaise volonté de la part des autorités. Comme le souligne le ministère, " dans les domaines, notamment, de la pollution des eaux par les nitrates ou du traitement des eaux résiduaires urbaines, le MEDD est parfaitement conscient de l'importance des enjeux comme des mesures à prendre, ainsi que des risques de condamnations financières ".
S'agissant de l'eau, leur mauvais état écologique, non conforme aux normes sanitaires européennes, est régulièrement constaté depuis plusieurs années, sans que le gouvernement ne prenne les mesures qui s'imposent. Au contraire : en 2005, il autorisait par décret l'extension des élevages industriels, responsables de la pollution aux nitrates notamment. Un rapport du Muséum d'histoire naturelle, publié en juin 2005 et réalisé sous la direction du professeur Jean-Claude Lefeuvre, président du comité scientifique du WWF, confirme le mauvais état des eaux françaises. Selon l'étude, près des trois quart des eaux présentent un état dégradé. Dans l'hypothèse la plus optimiste, moins de 50 % des masses d'eau (de surface et souterraines) pourront atteindre un bon état écologique en 2015. Et dans l'hypothèse la plus pessimiste, seulement 25 %. " Ce bilan indique que l'eau s'est perpétuellement dégradée en raison d'une action insuffisante depuis trente ans ", concluait alors Jean-Claude Lefeuvre.
La France vient d'ailleurs d'éviter une lourde amende de Bruxelles (28 millions d'euros) en présentant un plan pour endiguer la contamination des eaux en Bretagne. Le pays a déjà été condamné en 2001, puis en 2004, par la Cour européenne de Justice pour la pollution aux nitrates de 37 rivières dans la région, due aux élevages intensifs.
OGM, biodiversité... Autre dossier noir des dernières années : la transposition de la directive sur les OGM, attendue pendant 4 ans et finalement adoptée par décret le 20 mars dernier, au mépris de tout débat démocratique. Son retard a valu à la France plusieurs condamnations de la Commission européenne, en 2003, puis en juillet 2005 et enfin en décembre 2005 pour un dernier avertissement. Bruxelles a alors saisi la Cour européenne de justice sur les insuffisances françaises en matière d'OGM utilisés dans les laboratoires. Une astreinte de 151 920 euros par jour de retard a été recommandée à l'encontre du pays. Dans un communiqué diffusé en décembre 2006, les 3 ministères concernés (développement durable, recherche et industrie) estimaient que "la procédure qui s'engage devant la Cour de Justice devrait durer plusieurs mois. Elle permettra de faire valoir le travail accompli par le Gouvernement". Le gouvernement assurait en outre que "le processus législatif se poursuit et nécessite un temps suffisant pour l'Assemblée nationale ", assurant ainsi que le débat parlementaire aurait bien lieu. Quatre mois plus tard, c'est en fait par décret que la directive a été transposée. " En transposant directive européenne 2001/18 relative aux essais en champs et aux cultures commerciales d'OGM par décret, le gouvernement escamote le débat démocratique. Il évite à tout prix que les députés se saisissent publiquement de la question ", dénoncent les Verts, rappelant par ailleurs que 82 % des Français sont hostiles aux OGM. France Nature Environnement déplore également " un décret publié pour rassurer et encourager les agriculteurs qui souhaiteraient se lancer, en 2007, dans la culture d'OGM ". En avril, " plus d'une dizaine d'autorisations d'essais d'OGM en plein champs seront accordées par le Ministre de l'Agriculture ", ajoute France Nature Environnement, après un " simulacre de consultation publique sur Internet. " L'association estime que " comme à l'accoutumée certains maires ne seront avertis qu'au dernier moment, de manière très imprécise, de cultures OGM sur leur commune ". Elle rappelle enfin " que le vote d'une loi de transposition de la directive 2001/18 est indispensable pour permettre un débat démocratique sur les risques et l'intérêt des OGM, les alternatives possibles et respecter les engagements européens de la France ". Dans le domaine de la biodiversité, l'action du gouvernement ne fait pas non plus l'unanimité, notamment dans les DOM TOM. Selon une vaste étude, menée sur deux ans par le Comité français de l'UICN (Union mondiale pour la nature), les financements publics dont bénéficie l'outre-mer n'intègrent pas suffisamment les enjeux écologiques. " Le constat général est très décevant. Loin des ambitions politiques affichées, les efforts en matière de protection de la biodiversité et de gestion durable des écosystèmes restent très insuffisants ", souligne l'organisation. L'UICN note, de manière générale, qu'il n'y a pas eu ces dernières années "d'avancées importantes sur les principaux défis : diminution de la consommation des pesticides, développement de l'agriculture biologique, OGM, gestion durable des pêches... ". " En 2003 et 2004, la France a successivement adopté une stratégie nationale du développement durable et une stratégie nationale de la biodiversité, rappelle-t-elle. Malgré les progrès enregistrés, le changement de cap attendu par la société civile n'a pas eu lieu. "
Enfin, l'un des plus gros barrages de France, construit en Guyane en 1994 pour alimenter la base aérospatiale de Kourou, suscite depuis une douzaine d'années l'inquiétude parmi les experts scientifiques (voir article lié). Les études d'impact écologique se succèdent mais la seule mesure sanitaire importante a été l'interdiction du mercure dans l'extraction de l'or depuis le 1er janvier 2006. Les chercheurs du programme " Mercure en Guyane " ont envoyé un appel aux candidats à la présidentielle ainsi qu'au gouvernement actuel, le 13 janvier 2007, leur intimant de stopper le massacre environnemental et sanitaire. Ils rappellent que la forêt guyanaise compte parmi les dernières forêts primaires de la planète, renfermant 75% de la diversité biologique mondiale.
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