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Malgré la vive opposition du secteur, les autorités européennes vont intégrer les compagnies aériennes dans le protocole de Kyoto, au même titre que l’industrie et le secteur de l’énergie. "Nous allons soumettre au même traitement les compagnies aériennes au départ ou à destination des aéroports européens, sans distinction de nationalité », avait déjà indiqué le commissaire à l’environnement Stavros Dimas dans une conférence le 9 novembre 2006, ajoutant que l'inclusion du secteur aérien dans le marché carbone "était nécessaire car les gaz émis par les avions sont en constante hausse et risquent de compromettre les progrès réalisés grâce à la réduction des émissions dans d'autres secteurs". La proposition de directive stipule que les plafonds d’émissions de CO2 seront fixés, à partir de 2011, au niveau européen (et non au niveau des Etats membres) et calculées selon la moyenne des émissions du secteur en 2004-2006. La limite des émissions serait fixée pour tous les vols au départ des aéroports européens, y compris les vols internationaux, pour éviter que les compagnies européennes soient désavantagées par rapport à leurs concurrentes étrangères. Cette mesure s'appliquerait par conséquent à tous les transporteurs et impliquerait un surcoût moyen par billet compris entre 4,6 et 39,6 euros selon la distance couverte. Les vols internationaux devraient bénéficier d’un délai d’un an et donc entrer dans le système à partir de 2012.
La directive ne devrait pas susciter d’opposition au parlement, puisque pendant l’été 2006 les députés avaient approuvé cette mesure supprimant l’exception faite à ce secteur émetteur de CO2. Au sein de l'Union européenne, les émissions de CO2 provenant de l'aviation ont augmenté de presque 70% entre 1990 et 2002. Pourtant, alors qu’elles ont augmenté plus rapidement que dans d'autres industries, l’aviation restait encore à l’abri de toute réglementation sur son impact climatique.
De leur côté, les compagnies aériennes ont froidement accueilli le projet, déclarant que ces propositions « ignorent les réalités économiques du secteur ». Représentées par l'association internationale du transport aérien (AITA, 265 compagnies de 136 pays), elles ont publié un rapport, fin avril 2006, pour "tuer certains mythes persistants" concernant l'impact de l'aviation sur l'environnement. L'AITA affirme ainsi que « le transport aérien représente une part modeste des émissions de CO2 au niveau mondial, se situant autour de 2% » et indique qu’au cours des 40 dernières années, les émissions par passager-kilomètre ont diminué de 70%. L'efficacité énergétique du transport aérien aurait, selon son rapport, augmenté de 20% au cours de la dernière décennie. La Commission estime, quand à elle, que si les émissions de GES de l’aviation ne représentent encore que 3% du total des émissions au sein de l’UE, elles devraient atteindre 5% d’ici 2050, ce qui justifie pleinement sa décision. La difficulté principale de cette directive reste la position des Etats-Unis, vivement opposés au dispositif. La représentante de la Federal Aviation Administration (administration américaine de l'aviation) avait déclaré, lors d'une visite à Bruxelles, que « les compagnies américaines ne doivent pas être incluses dans le système d’échange de quotas ». "Nous avons encore des interrogations essentielles sur l'échange de quotas d'émissions, sur sa véritable efficacité et la nécessité de ces types de programmes, sur la légalité des programmes, et sur l'incertitude concernant les conséquences des émissions," a-t-elle déclaré. Les Etats-Unis ont réitéré cette position en ajoutant que les « compagnies américaines doivent faire face à la hausse des coûts liés à la sécurité depuis les attentats terroristes du 11 septembre».
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