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Malgré la vive opposition du secteur, les autorités européennes ont décidé d'intégrer les compagnies aériennes dans le protocole de Kyoto, au même titre que l'industrie et le secteur de l'énergie. La proposition de directive stipule que les plafonds d'émissions de CO2 seront fixés, à partir de 2011, au niveau européen (et non au niveau des Etats membres) et calculées selon la moyenne des émissions du secteur en 2004-2006. La limite des émissions serait fixée pour tous les vols au départ des aéroports européens, y compris les vols internationaux, pour éviter que les compagnies européennes soient désavantagées par rapport à leurs concurrentes étrangères. Cette mesure s'appliquerait par conséquent à tous les transporteurs et impliquerait un surcoût moyen par billet compris entre 4,6 et 39,6 euros selon la distance couverte. Les vols internationaux devraient bénéficier d'un délai d'un an et entrer dans le système à partir de 2012. La Commission estime que si les émissions de GES de l'aviation ne représentent encore que 3% du total des émissions au sein de l'UE, elles devraient atteindre 5% d'ici 2050. Ses émissions augmentent plus rapidement que celles de tous les autres secteurs. Celles qui sont dues aux vols internationaux ont augmenté de 73% entre 1990 à 2003 et devrait, d'après les projections de la Commission européenne, atteindre 150% d'ici à 2012 si aucune mesure n'est prise. Une telle croissance annulerait alors plus d'un quart de la réduction de 8% de l'ensemble des émissions de gaz à effet de serre que l'UE-15 est censée réaliser entre 1990 et 2012 en vertu de protocole de Kyoto. Le secteur est par ailleurs en croissance de 14% par an. Conflit avec les Etats-Unis
Pour autant, Bruxelles se heurte depuis le départ à l'hostilité des transporteurs aériens, qui, en 2006, ont publié un rapport dénonçant les " mythes persistants " sur leurs impacts environnementaux. Objectif : faire pression sur la Commission pour échapper à la future législation européenne sur les quotas d'émissions. L'aviation représente en effet environ 4,1 millions d'emplois et 228 milliards d'euros pour l'économie de l'UE, arguments mis en avant pour refuser toute réglementation contraignante. Fin septembre 2007, le congrès de l'Organisation de l'aviation internationale civile (OACI) a, à nouveau, réitéré son opposition à toute réglementation et n'est pas parvenue à se mettre d'accord sur une réduction contraignante d'émissions de CO2 demandée par les 27 Etats membres de l'UE. L'OACI prône des " accords individuels avec les pays dont ressortent les compagnies aériennes ". " À l'instar des Etats-Unis, la plupart des délégations ont estimé que les États ne devraient pas appliquer de systèmes d'échange de droits d'émissions aux transporteurs d'autres États, sauf sur la base d'accords mutuels ", a ainsi expliqué l'Organisation internationale de l'aviation civile dans un communiqué.
Les Etats-Unis menacent de de leur côté de porter l'affaire en justice. Clayland Boyden Gray, ambassadeur américain auprès de l'Union, estime que l'Europe n'a pas l'autorité pour procéder à une telle manoeuvre. La représentante de la Federal Aviation Administration avait également déclaré, lors d'une visite à Bruxelles, que " les compagnies américaines ne doivent pas être incluses dans le système d'échange de quotas ". "Nous avons encore des interrogations essentielles sur l'échange de quotas d'émissions, sur sa véritable efficacité et la nécessité de ces types de programmes," a-t-elle déclaré. De son côté, l'UE a annoncé qu'elle ne réviserait pas la clause stipulant que les compagnies étrangères seraient incluses dans son système d'échange de quotas d'émission de carbone. Le parlement européen a même renforcé les objectifs de la Commission, en fixant des limites plus strictes pour les émissions de CO2. Il souhaite également supprimer le délai d'un an supplémentaire initialement accordé pour les vols internationaux, ce qui entraînera probablement une riposte tant de la part de l'OACI que du gouvernement américain.
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